合理的忍者组合能够显著提升对战优势。推荐的第一种组合是宇智波佐助、小南和奇拉比。宇智波佐助凭借稳定的连招和远程消耗能力，适合作为主力输出；小南的空中压制和范围伤害能有效限制对手走位；奇拉比的霸体状态和突进技能则能在关键时刻打破僵局。这种组合兼顾了远程消耗、近战爆发和控场能力，适合应对多数主流阵容。
另一种经典组合是阿飞、迪达拉和宇智波鼬。阿飞的地雷原术和设置炸弹大成功能持续消耗对手，迪达拉的空中压制和远程攻击可进一步限制敌方行动，而宇智波鼬的天照和月读则提供强力的反打与控制。这一组合的核心在于利用阿飞和迪达拉的持续压制，为宇智波鼬创造收割机会，尤其擅长对抗缺乏空中技能的忍者。
对于偏好高爆发输出的玩家，推荐使用鹰佐助、千代婆婆和波风水门。鹰佐助经过多次调整后仍保留无敌帧和组合技破霸体的特性，千代婆婆的尘光盾封能有效防御反击，波风水门的神速和电光火石则提供灵活的起手与位移。这一组合的优势在于攻守兼备，既能通过鹰佐助和波风水门快速建立优势，又能依靠千代婆婆的防御技能稳住局面。
若追求极致的控场与消耗，可尝试秽土转生忍者组合，如秽土水门、秽土斑和秽土长门。秽土水门的飞雷神机制能频繁干扰对手节奏，秽土斑的大范围技能可压制走位，秽土长门的地爆天星则能终结残局。该组合对操作要求较高，但一旦掌握技能衔接，便能通过持续的控场和爆发压制对手。
鸣人的分身和螺旋丸易于上手，小樱的铁球攻击和回复技能能提高容错率，卡卡西的雷切和写轮眼复制则提供稳定的输出。这一组合虽缺乏顶级强度，但胜在技能直观且连招稳定，适合练习基础操作。
