火影忍者回忆2作为游戏中的重要剧情副本，玩家需要面对多个关键挑战。副本中的据点战斗机制要求玩家在连续战斗中合理分配忍者资源，因为每个据点战斗后血量不会自动恢复，阵亡的忍者也无法再次使用。这意味着玩家需要提前规划出战顺序，优先派遣高生存能力的忍者应对前期据点，保留强力角色应对后期高难度战斗。副本中的敌人AI会优先使用密卷技能和召唤兽技能，玩家需避免开局直接突进，建议利用蛤蟆等通灵兽骗取敌方替身术，再通过走位规避高伤害技能。
通关每个据点后可开启宝箱获取铜币或忍者碎片，但每日可兑换的卷轴数量有限，玩家需优先兑换阿凯或红豆等实用忍者碎片以提升整体战力。生存挑战每天重置后需重新选择出战忍者，最多可派遣12名，若忍者数量不足则按实际数量出战。这种设计要求玩家在日常玩法中注重忍者收集和培养，尤其是具备治疗能力的角色，因为副本中无法自动回血，奶妈型忍者的续航作用至关重要。
电脑控制的敌人会固定释放技能，玩家可利用这一点预判走位，例如开局后向左上角移动躲避风压阵、山椒鱼等范围攻击。连招环节因副本保护机制触发较晚，玩家可延长连击段数，但需监控敌方替身术冷却时间避免被反打。时间限制也是关键因素，副本禁止纯拖延战术，必须在倒计时结束前击败敌人，这对依赖猥琐流的忍者如志乃、红豆等形成一定制约。
玩家需平衡卷轴兑换优先级，优先获取能提升主力忍者战力的碎片或装备。同时通过活跃任务、小队突袭等方式积累回忆钥匙，这是开启剧情关卡的必要道具。副本中福袋奖励的忍者选择建议优先考虑阿斯玛等具备稳定起手技能的A忍，其奥义范围大且可衔接连招，适合中低段位玩家使用。
部分关卡需击杀特定目标如金银角才能阻止其无限复活，否则会陷入持久战。多人联机模式中的隐藏阶段需团队配合，通关耗时会计入排行榜，这对操作协调性和忍者搭配提出更高要求。
火影忍者回忆2的挑战集中在资源规划、战斗策略和团队协作三个维度。玩家需综合运用忍者培养、技能预判和奖励兑换策略，才能高效攻克副本并获取最大收益。
