暖暖环游世界中存在多个隐藏地点和未解之谜，主要集中在特殊场景与互动区域。日本区域的隐藏关卡需要玩家在特定场景打破石块或触发机关才能进入，例如五台山口的4399宝珠石块和螺旋地狱的转盘机制。这些地点通常与坐骑获取或NPC商店相关联，但触发条件存在随机性，需要玩家反复尝试。商业街的迷之屋包含三种抽奖模式，其中幻之阁每日提供免费抽取五星物品的机会，但解锁隐藏样式需通过送礼提升店主好感度。
游戏中的制作系统与隐藏剧情存在深度绑定。设计图和材料主要通过任务掉落或迷之屋抽签获得，而特定套装制作完成后可能解锁新地图章节。例如通关第二章全部关卡并完成指定套装制作是解锁第三章的必要条件。部分服装如未解之谜连衣裙出现在中国区域1的高分搭配方案中，暗示其与隐藏内容的潜在联系。巴西区域则通过场景互动、评选赛和成就系统构成复合型探索机制，服装搭配可能影响隐藏要素的触发概率。
剧情推进过程中存在多处未明确解释的符号与对话。卢比诺川南北岸的钓鱼点、绀碧之塔喷水池等场景包含与环境不符的交互元素，但官方未说明其具体用途。旅行者暖暖系列任务中连续出现的编号关卡（如旅行者暖暖11、12）未在常规流程展示，可能指向隐藏剧情线。初始藏宝图作为故事开端道具，其完整版未在游戏内公开，部分玩家推测与终极套装获取条件相关。
游戏内未解之谜的设计遵循多层验证机制。钟楼钥匙类物品需要跨区域收集线索，类似重生细胞中分阶段解谜的设计逻辑。服装店好感度系统存在阈值设定，当送礼达到特定次数后解锁的隐藏样式往往带有特殊属性描述。国际服与台服版本差异显示，部分未解之谜可能受区域文化适配调整影响，例如日服独占的声优彩蛋未在其他版本完整呈现。这些设计痕迹表明隐藏内容具有系统性规划特征。
暖暖环游世界的未解之谜主要依托于三个系统层：场景交互层包含隐藏入口与特殊NPC，剧情叙事层埋设符号化线索，数据验证层通过套装属性和好感度阈值控制解锁进度。玩家需综合运用服装搭配、资源收集与场景探索能力，才能逐步揭示这些隐藏内容的完整面貌。
