圣岛作为云野的隐藏地图，其水下区域并非直接可见，需通过特定路径进入。首先需解锁云野右侧隐藏图入口（需收集4个云野先祖），在平台跳跃点朝前飞行穿过云洞即可抵达圣岛。主岛周围分布多个浮空岛和瀑布，水下区域的入口通常与瀑布、洞穴或编钟任务相关联，尤其是第三个编钟任务提示的瀑布下游发光水母洞，是潜入水下的关键位置之一。
完成编钟任务时，部分壁画线索会指向水下区域，例如第三个任务的瀑布右侧下方点燃蜡烛后，壁画提示编钟位于瀑布底部。需沿瀑布下游追踪发光水母，跳入其所洞穴即可到达隐藏水域。沉船任务中的水下通道（需从大岛瀑布左侧洞穴进入）也是探索水下空间的途径。操作上需注意能量管理，建议携带充能工具或与伙伴协作，避免因能量耗尽中断探索。
圣岛水域包含发光水母群、倒三角浮岛投射的光影以及隐藏的小金人（如第八个位于水母洞内）。玩家需利用潜水动作（长按飞行键下潜）和视角调整观察底部结构，部分区域需通过憋气机制触发特殊动画，如编钟碎片收集或光翼消失后的传送判定。水下视野受光线折射影响，建议调整游戏亮度以提升辨识度。
圣岛季六个编钟任务中，第三、第五个任务直接关联水下探索，而水之灵的获取虽在霞谷溜冰场，但其提交行为会激活圣岛先祖对水域的提示对话。完成全部任务后，玩家可通过巨型鳐背部的飞行路线快速往返水面与水下区域，站到水下面将不再依赖固定入口，而是成为自由探索的常规动作。
国际服与国服在圣岛水下区域的判定存在细微差别，部分穿模点位需配合特定动作（如倒地滑行）触发。若使用OurPlay加速器游玩国际服，其GMS套件自动配置功能可优化水下场景加载速度，减少卡顿导致的穿模失败。水下站立动作实际为系统视角调整的结果，并非真实物理碰撞，因此无需担心角色模型异常。
