当对战双方均达到上忍3段位时，便会触发禁忍者环节，此时双方可以各自禁用一名忍者，而达到暗部3段位后，则可以禁用两名忍者。
禁忍者环节发生在对战正式开始前，双方玩家需要从系统提供的忍者池中进行选择，其核心规则是当前版本采用的全忍者池禁用机制，这意味着你所禁用的忍者是从游戏内所有可用的忍者中选取，而非仅限于对方所拥有的忍者，这样的设计使得禁选策略变得更加通用且难以针对特定对手的忍者池进行精确打击。
这个机制的设计主要目的是为了维持段位赛环境的相对平衡与公平性，通过允许玩家禁用那些版本中过于强势或自己难以应对的忍者，来减少因忍者强度差异过大而导致的战斗失衡，同时也保护了忍者储备并不深厚的新手玩家，避免他们因仅有的强力忍者被禁用而完全无法进行对抗。
段位的进一步提升，禁用的名额也会增加，在影级及以上的更高段位中，双方可以禁用的忍者数量会提升至三名，这使得对局环境能够进一步过滤掉那些公认的、对游戏体验影响较大的高强度忍者，让对决更侧重于玩家自身的操作与战术配合。
在实战中运用禁忍者机制需要一定的策略思考，由于无法知晓对方具体擅长哪些忍者，禁选时通常需要结合当前版本的环境，优先考虑禁用那些泛用性强、技能机制难以反制或自己比较惧怕的忍者，如果在一局对战中发现自己的禁选并未影响到对手，而下局又匹配到同一对手时，则可以尝试将对方上一局表现出色的忍者禁用。
熟悉并合理运用段位赛的禁忍者规则是提升胜率的重要一环，它要求玩家不仅了解自身忍者的优缺点，也要对整个游戏环境的忍者强度有一定认知，从而在禁选阶段就能为自己创造更有利的对战条件。
